Μετά την απόκτηση του μεταπτυχιακού του τίτλου (Master), ο διπλωματούχος μπορεί να συνεχίσει σε κάποιο διδακτορικό πρόγραμμα. Τέτοιου είδους προγράμματα περιλαμβάνουν αποκλειστικά και μόνον την εκπόνηση μίας διδακτορικής διατριβής (έκτασης περίπου 60,000 λέξεων) που οδηγεί στην απόκτηση διδακτορικού τίτλου σπουδών (PhD). Ο χαρακτήρας της διδακτορικής διατριβής είναι καθαρά ερευνητικός και δεν περιλαμβάνει παρακολούθηση πρόσθετων μαθημάτων. Η μόνη υποχρέωση του υποψηφίου διδάκτορα είναι η ενημέρωση του επιβλέποντα καθηγητή του ανά τακτά χρονικά διαστήματα.
Στη Βουλγαρία, τα διδακτορικά προγράμματα χωρίζονται σε:
-Προγράμματα πλήρους παρακολούθησης (full time): Η διάρκεια αυτών ορίζεται στα 3 χρόνια. Τα αγγλόφωνα διδακτορικά είναι κατά τι ακριβότερα από τα αντίστοιχα βουλγαρόφωνα (περίπου κατά 1.000 Ευρώ τον χρόνο).
-Προγράμματα μερικής παρακολούθησης (part time): Η διάρκειά τους ορίζεται στα 4 χρόνια και κοστίζουν λίγο ακριβότερα από τα αντίστοιχα βουλγαρόφωνα.
-Αυτόνομα προγράμματα χωρίς επίβλεψη (unsupervised): Αφορούν σε προγράμματα που εστιάζουν αποκλειστικά σε ένα ερευνητικό πρόγραμμα. Η διάρκειά τους ορίζεται στα 3 χρόνια.
-Πρόγραμμα τηλεσπουδών (distant learning): Για μερικές ειδικότητες μόνο (συνήθως ανθρωπιστικών σπουδών).
Απαραίτητη προϋπόθεση για την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής αποτελεί η πρότερη απόκτηση μεταπτυχιακού τίτλου. Αυτή η απαίτηση αντισταθμίζεται από τη δυνατότητα του υποψηφίου να συγγράψει τη διατριβή του εξ ολοκλήρου από απόσταση, καθώς η φυσική του παρουσία στη Βουλγαρία δεν κρίνεται απαραίτητη. Αυτό σημαίνει ότι ο υποψήφιος έχει την άνεση να δουλεύει ακόμα και στην Ελλάδα και να μεταβαίνει όποτε ευκαιρεί στη Βουλγαρία για να συνεννοηθεί με τον επιβλέποντά του. Με την ολοκλήρωση της διατριβής, ο υποψήφιος καλείται να υποστηρίξει ενώπιον επιτροπής την εργασία του.
Τα δίδακτρα για τις σπουδές πλήρους παρακολούθησης κυμαίνονται στα 3.500 Ευρώ ανά έτος και τα αντίστοιχα μερικής παρακολούθησης στα 2.500 Ευρώ. Οι υποψήφιοι μπορούν να καταβάλουν τα δίδακτρα σε δύο ισόποσες δόσεις στην αρχή κάθε εξαμήνου. Το κόστος διαβίωσης στη Βουλγαρία, όπως είναι γνωστό, κινείται σε αξιοπρόσεκτα χαμηλά επίπεδα, καθώς τα μηνιαία έξοδα ενός φοιτητή δεν ξεπερνούν τα 500 Ευρώ.
Διδακτορικά προγράμματα προσφέρονται στη Βουλγαρία για πάρα πολλές ειδικότητες, μεταξύ των οποίων η Ιατρική, η Ιστορία, οι Βαλκανικές Σπουδές, η Κοινωνιολογία, η Βιολογία (και οι συναφείς αυτής κλάδοι).