Μετά την ολοκλήρωση των μεταπτυχιακών του σπουδών, ο διπλωματούχος μπορεί να συνεχίσει στην απόκτηση διδακτορικού τίτλου. Η εκπόνηση διδακτορικής διατριβής αποτελεί τον αποκλειστικό σκοπό του υποψηφίου, ο οποίος βρίσκεται σε διαρκή επαφή με τον επιβλέποντα καθηγητή του. Προϋπόθεση για την αποδοχή του υποψηφίου στον τρίτο κύκλο σπουδών αποτελεί η επιτυχής ολοκλήρωση του δεύτερου (μεταπτυχιακό πρόγραμμα). Της ολοκλήρωσης της διατριβής ακολουθεί υποστήριξη ενώπιον επιτροπής.
Πριν καν ξεκινήσουν οι αιτήσεις από τους ενδιαφερόμενους, το κάθες ίδρυμα ορίζει τον κύκλο θεμάτων από τον οποίο καλείται ο φοιτητής να επιλέξει ένα, το οποίο θα αποτελέσει το θέμα της διδακτορικής του διατριβής. Τα διδακτορικά προγράμματα χωρίζονται σε δύο ειδών:
1. Διδακτορικά πλήρους παρακολούθησης (full time), η διάρκεια των οποίων ορίζεται στα τρία (3) με τέσσερα (4) χρόνια. Για τους υποψηφίους αυτών των προγραμμάτων προβλέπονται υποτροφίες για την κάλυψη των διδάκτρων.
2. Διδακτορικά μερικής παρακολούθησης (part time), η διάρκεια των οποίων ορίζεται στα πέντε (5) χρόνια και άνω. Για τους υποψηφίους αυτών των προγραμμάτων δεν προβλέπονται υποτροφίες από τα ιδρύματα.
Οι τίτλοι που απονέμονται μετά την ολοκλήρωση των διδακτορικών σπουδών, είναι οι ακόλουθοι:
- Doktor (βασικός τίτλος, PhD).
- Doktor umenia (καλλιτεχνικές σπουδές, ArtD).
- Licenciát teológie ή Doktor teológie (σπουδές στη θεολογία, ThLic και ThDr αντίστοιχα).
Τα δίδακτρα κυμαίνονται από 5.000 έως 10.000 Ευρώ για τους φοιτητές από την Ευρωπαϊκή Ένωση. Το κόστος διαβίωσης στη Σλοβακία υπολογίζεται μεταξύ 900 και 1.200 Ευρώ.
Πριν ο φοιτητής επιλέξει το διδακτορικό πρόγραμμα που θα ακολουθήσει, κρίνεται απαραίτητο να λάβει υπόψιν του:
-Την ποιότητα σπουδών που αποζητά.
-Το ύψος των διδάκτρων του προγράμματος σε συνδυασμό με το κόστος διαβίωσης.
-Ο συνδυασμός αυτών των δύο παραμέτρων πρέπει να αποτελέσει την πυξίδα για την ασφαλή επιλογή διδακτορικών προγραμμάτων.