Η ολοκλήρωση των πτυχιακών σπουδών στη Σλοβακία μπορούν να συνεχιστούν από ένα μεταπτυχιακό πρόγραμμα. Τέτοιου είδους προγράμματα μπορούν να διαρκούν από ένα (1) έως τρία (3) χρόνια, ενώ για κάποιες ειδικότητες, όπως είναι η ιατρική, διαρκούν έως και έξι χρόνια. Οι φοιτητές μπορούν να επιλέξουν τη συνδυαστική παρακολούθηση ενός μεταπτυχιακού προγράμματος αμέσως μετά την ολοκλήρωση του πτυχίου (οπότε η συνολική διάρκεια πτυχιακών/μεταπτυχιακών σπουδών αγγίζει τα πέντε (5) με έξι (6) χρόνια), είτε την αυτόνομη εγγραφή του σε ένα μεταπτυχιακό πρόγραμμα (η διάρκεια του οποίου καθορίστηκε ως ανωτέρω).
Η ολοκλήρωση ενός μεταπτυχιακού προγράμματος στη Σλοβακία μπορεί να οδηγήσει στην απόκτηση ενός από τους ακόλουθους τίτλους:
-Inžinier (Τεχνικές ειδικότητες και Αρχιτεκτονική).
-Magister (Φυσικές επιστήμες, Φαρμακευτική, Κοινωνικές επιστήμες, Καλλιτεχνικά, Νομική, Παιδαγωγικά, Θεολογία).
-Doktor (Ιατρική, Οδοντιατρική, Κτηνιατρική).
Ο τρόπος εισαγωγής στα μεταπτυχιακά προγράμματα γίνεται με δύο τρόπους:
α) με γνώμονα τη βαθμολογία των πτυχιούχων στις τελικές πτυχιακές εξετάσεις,
β) με την επιτυχία του υποψηφίου στις εισαγωγικές εξετάσεις του εκάστοτε προγράμματος. Τον τελικό λόγο για την αποδοχή ή μη του υποψηφίου στο πρόγραμμα έχει ο πρύτανης του κάθες ιδρύματος. Σημειωτέον ότι κάθε ίδρυμα ορίζει από μόνο του τον τρόπο εισαγωγής των υποψηφίων στα μεταπτυχιακά προγράμματα που προσφέρει.
Τα δίδακτρα στα διάφορα μεταπτυχιακά προγράμματα ποικίλουν και κυμαίνονται από 5.000 έως 10.000 Ευρώ για τους φοιτητές εντός Ευρωπαϊκής Ένωσης. Για την κάλυψη των διδάκτρων προβλέπονται υποτροφίες, τις οποίες διαχειρίζεται το κάθε ίδρυμα με ξεχωριστό τρόπο. Το κόστος διαβίωσης στη Σλοβακία δεν κρίνεται ως ιδιαίτερα υψηλό, όχι όμως και όσο συμφέρον σε σχέση με τα αντίστοιχα στη Ρουμανία και τη Βουλγαρία. Υπολογίζεται ότι, ανά μήνα, ο φοιτητής χρειάζεται 900 με 1.200 Ευρώ.
Ο Έλληνας φοιτητής που θα επιλέξει να συνεχίσει τις σπουδές του σε κάποιο μεταπτυχιακό πρόγραμμα, θα πρέπει να έχει, λοιπόν, υπόψει του:
-Το κύρος του πανεπιστημίου και, ειδικότερα, του προγράμματος στο οποίο θα εγγραφεί.
-Το κόστος ζωής, σε συνδυασμό με τα δίδακτρα που θα κληθεί να καταβάλει, να είναι διαχειρίσιμα εν σχέσει με τις οικονομικές του δυνατότητες.
-Συνδυάζοντας τους δύο παραπάνω παράγοντες και κατόπιν ενδελεχούς έρευνας, να επιλέξει το πρόγραμμα που τον ικανοποιεί περισσότερο.